Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение лицей № 3 г.Минеральные Воды является самостоятельным муниципальным бюджетным учреждением, учрежденным Управлением образования администрации Минераловодского городского округа и не имеет структурных подразделений и филиалов.
Основными органами управления школой являютя:
1. Администрация МБОУ лицея № 3 - директор лицея и заместители директора по учебной и воспитательной работе.
2.Управляющий Совет школы, в состав которого входят представители родительской общественности, учащиеся школы и представитель учредителя.
3.Педагогический Совет школы, в состав которого входят учителя и педагоги школы.
4.Общее собрание трудового коллектива, в состав которого входят все работники учреждения.
5.Методический Совет школы, в состав которого входят школьные методические объединения учителей начальных классов, учителей гуманитарного цикла, учителей естественно-научного цикла и классных руководителей.